Der Stadtbezirk bekam seinen Namen von den Bertoldingern, den Stadtgründern Freiburgs. Sie errichteten eine Burg über Zähringen und nannten sich dann "von Zähringen".
Weitere Zähringer Stadtgründungen sind u.a. St. Peter, Bern und Murten
Erstmals urkundlich erwähnt wurde Zähringen im Jahre 1008 unter Heinrich II. Archäologische Funde reichen zurück bis in die Alemannenzeit.
Nach dem Aussterben der Zähringer Herzöge wechselte das Dorf mehrmals den Eigentümer, bis es 1806 an das Großherzogtum Baden fiel. Die 1525 im Bauernkrieg zerstörte Burg wird nicht wieder aufgebaut.
1824 Bau der Blasiuskirche am Dorfplatz
1906 Zähringen kommt zu Freiburg. Die Volksschule (heutige Emil-Gött-Schule) und die Straßenbahnlinie nach Günterstal werden eingeweiht.
1969 Eröffnung des Thermalbads Zähringen (heute Jugendzentrum Jatz)
1989 bis 1992 Bau des Bürgerhaus Zähringen und der Jahn-Sporthalle. Der „Platz der Zähringer“ wird eingeweiht.
2015 Verlängerung der Straßenbahnlinie 4 / 5 bis Gundelfingen (barrierefrei).